На сегодняшний день описано несколько механизмов действия эфирных масел и органических кислот на бактериальные клетки, однако все они сводятся к способности эфирных масел и органических кислот влиять как на внешнюю оболочку клетки, так и на цитоплазму. Типичная для эфирных масел гидрофобность ответственна за разрушение бактериальных структур, что приводит к повышенной проницаемости из-за неспособности отделить эфирные соединения от мембраны бактериальной клетки. Барьер проницаемости, обеспечиваемый клеточными мембранами, необходим для многих клеточных функций, включая поддержание энергетического статуса клетки, связанные с мембраной процессы преобразования энергии, транспортировку растворенных веществ и регуляцию метаболизма. Клеточная мембрана также важна для контроля тургорного давления. Антимикробная активность эфирных масел обычно объясняется токсичным воздействием эфирных компонентов на структуру и функцию мембран патогенных клеток. Механизмы действия эфирных масел включают разрушение клеточной стенки, повреждение цитоплазматической мембраны, коагуляцию цитоплазмы, повреждение белков мембраны, повышенную проницаемость, ведущую к утечке содержимого клеток, снижение протонной движущей силы, уменьшение внутриклеточного пула АТФ за счет снижения синтеза АТФ и усиленного гидролиза, который не связан с повышенной проницаемостью мембраны, и снижение мембранного потенциала за счет увеличения проницаемости мембраны. Органические кислоты в составе биопрепарата «Phytogenix®», в частности лактат, максимально увеличивают эффективность биопрепарата против грамотрицательных бактерий, наружная мембрана которых состоит из двойного слоя фосфолипидов, связанных с внутренней мембраной липополисахаридами, что делает её малодоступной для большинства эфирных масел. Небольшая водорастворимая молекула молочной кислоты проникает в периплазму через заполненные водой белки поринов внешней мембраны, нарушая барьер проницаемости мембраны, разрушая впоследствии слой липополисахаридов. Данный процесс способствует оптимальному проникновению компонентов эфирных соединений в патогенную клетку, что приводит к её деградации.
Важно заметить, что синергизм активных компонентов в составе биопрепарата «Phytogenix®» в разы снижает минимальные ингибирующие концентрации составляющих биопрепарата, наделяя его максимальной эффективностью в малых дозах.